Pierwsze poważne zetknięcie Janusza Kurtyki z mediewistyką nastąpiło w roku 1980, kiedy to jako student drugiego roku historii na wydziale historyczno – filozoficznym Uniwersytetu Jagielońskiego na swoją specjalizację wybrał średniowiecze a dokładnie seminarium z nauk pomocniczych historii prowadzonych przez profesora Zbigniewa Perzanowskiego.

Osoba profesora, kierownika Zakładu Nauk Pomocniczych Historii UJ wywarła ogromny wpływ na kształtowanie horyzontów początkującego historyka. W 1982 roku na łamach Studenckich Zeszytów Historycznych Koła Naukowego Studentów UJ, którego Janusz Kurtyka był członkiem, ukazała się Jego debiutancka praca z dziedziny mediewistyki . Obszerna bo kilkudziesięciostronicowa rozprawa, dotyczyła związków Przemyśla z Krakowem w wiekach średnich (2 poprawione wydanie 1988). 

Kończąc studia w 1983 roku Janusz Kurtyka obronił pracę magisterską która nosiła tytuł „Morawicka linia Toporczyków w XII – XV w. Studium historyczno – genealogiczne”. Praca ta była bogata pod względem merytorycznym i prezentowała wysoki poziom metodologiczny. Obejmowała ona takie dziedziny jak: genealogia, historia polityczna, historia społeczna, dzieje kultury czy osadnictwa. Przygotowanie wymagało od autora znajomości źródeł, począwszy od średniowiecznych a na nowożytnych kończąc. Wszystko to spowodowało, że praca znacząco wykraczała poza normy ogólnie przyjęte dla prac magisterskich. Głównym fundamentem tej pierwszej poważniejszej pracy Janusza Kurtyki było odtworzenie kręgu krewniaczego Toporów zasiedlającego teren koło Morawicy, na zachód i północny zachód od Krakowa. Po otrzymaniu tytułu magistra Janusz Kurtyka poszukiwał pracy. Na Uniwersytecie nie było możliwości uzyskania etatu. Młody badacz zbliżył się tymczasem do zespołu Pracowni Słownika Historyczno – Geograficznego Małopolski w Średniowieczu Instytutu Historii PAN w Krakowie. Również i tu nie było na to szans, dlatego też ówczesny kierownik Zakładu Słownika prof. Jerzy Wiśniewski po wielu rozmowach z młodym historykiem, nie chcąc stracić tak wielkiego talentu, zaproponował Mu rozpoczęcie studiów doktoranckich w Instytucie Historii Polskiej Akademii Nauk w Warszawie.

Do Warszawy Janusz Kurtyka pojechał z gotowym konspektem pracy o rodzinie Tęczyńskich opartym na pieczołowicie przygotowywanych i zbieranych przez kilka lat materiałach. Promotorem pracy doktorskiej początkowo był prof. Jerzy Wiśniewski a po jego niespodziewanej śmierci w 1983 r. jego następca, poznański profesor Antoni Gąsiorowski.

W styczniu 1985 roku Janusz Kurtyka objął etat w Pracowni Słownika w Krakowie i zrezygnował ze stypendium. Wymarzony etat wiązał się z natychmiastowym włączeniem w trudne prace słownikowe. Młody magister musiał wykazać się wyjątkową pracowitością i dyscypliną, aby pogodzić dalsze gromadzenie materiałów i formowanie kartotek niezbędnych do ukończenia pracy doktorskiej z pracą w Słowniku i innymi pracami, które jednocześnie prowadził. Pisał w tym czasie wiele, obszerne rozdziały do dziejów Rzeszowa, biogramy Rabsztyńskich do Polskiego Słownika Biograficznego, ale przede wszystkim przygotowywał spis urzędników małopolskich od końca XIV do końca XV wieku dla prestiżowej serii wydawniczej Spisy urzędników dawnej Rzeczypospolitej XII-XVIII w. redagowanej przez Antoniego Gąsiorowskiego. Poradził sobie z tym doskonale. Do drugiej części pierwszego zeszytu Słownika opracował sporą liczbę haseł na czele ze skomplikowanymi: Limanową Starą i Limanową Nową, ukończył też wszystkie ww. prace. Do siedmiu kolejnych zeszytów Słownika, do 2000 roku, napisał ogółem 110 haseł osadniczych, od tych kilkustronicowych do ponad 100 stronicowych. 

W 1995 roku po 10 latach pracy w PAN-ie Janusz Kurtyka obronił pracę doktorską z zakresu nauk humanistycznych – historii. Tytuł pracy brzmiał „Tęczyńscy. Studium z dziejów polskiej elity możnowładczej w średniowieczu”. W 1997 roku krakowskie wydawnictwo „Secesja” opublikowało tę obszerną 674 stronicową pracę. Treścią książki są wnikliwie przeanalizowane i opisane polityczne, gospodarcze dzieje rodziny Tęczyńskich oraz ich genealogia wraz z obszernymi aneksami. Praca ta była punktem wyjścia dla wielu innych badań Janusza Kurtyki. M.in. jako pierwszy stworzył on podstawy badań nad klientelizmem. Problemowi temu poświęcił kolejne artykuły: „ posiadłość, dziedzicznoś i prestiż. Badania nad późnośredniowieczną i wczesnonowożytną wielka własnmościa możnowładczą w Polsce (XIV-XVII w.)”, „Problem klienteli możnowładczej w Polsce późnośredniowiecznej” (1999), „Władza i klientela (W związku z książką Antoniego Mączaka) (2003)”. Warto wspomnieć również o 14 stronicowym biogramie palatyna Sieciecha protoplasty rodu Toporów a tym samym i rodziny Tęczyńskich, który Janusz Kurtyka napisał do Polskiego Słownika Biograficznego w 1996 roku. Było to nawiązanie do najdawniejszych dziejów rodu Toporów.

W roku 1999 „Księgarnia Akademicka” wydała liczącą 295 stron książkę Janusza Kurtyki pt. „Latyfundium Tęczyńskie. Dobra i właściciele XIV – XVII w”. Stanowi ona uzupełnienie rozprawy doktorskiej o niezwykle istotna problematykę gospodarczą, która w poprzedniej pracy nie znalazła właściwego miejsca ze względu na to, że wymagała zupełnie innego podejścia i nadawała się na odrębną książkę. Poddaje ona analizie zaplecze majątkowe rodziny możnowładczej na przykładzie Tęczyńskich stanowiące fundament ich wyjątkowej pozycji społecznej. W 2000 roku Janusz Kurtyka na podstawie tej książki uzyskał na Wydziale Historycznym UJ stopień doktora habilitowanego.

Ważną częścią życia naukowca jest udział w konferencjach naukowych. Janusz Kurtyka od początku aktywnie brał w nich udział i stał się rozpoznawalną postacią na tych spotkaniach poprzez aktywne uczestnictwo w dyskusjach i współudział w tworzeniu programów kolejnych. Warto tu wymienić niektóre z nich. Chyba najważniejszą w ukształtowaniu jego zainteresowań badawczych był cykl genealogicznych konferencji tzw. golubskich organizowanych przez środowisko toruńskie pod kierownictwem prof. Janusza Bieniaka w latach 80-tych i 90-tych (w sumie 7 konferencji). Konferencje te poświęcone szeroko rozumianym problemom genealogicznym i społecznym w średniowieczu dały podwaliny nowoczesnego podejścia do tych problemów i zainspirowały wiele badań, m.in. nad elitami społecznymi i klientelą. Prawie na każdej z nich miał referat lub głos w dyskusji później opublikowany W przeciwieństwie do wielu polskich mediewistów uważał, że polska mediewistyka może i powinna włączać się w nurt badań europejskich. To on był inicjatorem wyjazdu pod koniec lat 90-tych do Budapesztu do Central European Univeristy (CEU) na seminarium prof. Janosa Baka grupy kilku mediewistów w celu zaprezentowania swoich badań. W ślad za tym przyszły zaproszenia na inne konferencje zagraniczne, w tym na cykliczne i najbardziej prestiżowe do Kalamazoo w Stanach Zjednoczonych i do Leeds w Anglii. Szerszą współpracę podjął też z ośrodkami niemieckimi, co zaowocowało udziałem w konferencjach w Niemczech i publikacją dwóch poważnych tekstów. W 2000 r. Janusz Kurtyka odszedł z Instytutu Historii PAN do nowo utworzonego Instytytutu Pamięci Narodowej. Niewątpliwie 17 lat jakie spędził w Pracowni Słownika Historyczno–Geograficznego Małopolski w Średniowieczu to najważniejszy rozdział w Jego bogatej karierze naukowej. 

Przejście do innej pracy osłabiło wprawdzie aktywność badawczą Janusza Kurtyki w zakresie historii średniowiecznej, ale przecież nie ustała ona zupełnie. Spora część prac opublikowanych po 2000 r. miała bowiem swoje korzenie w poprzednim okresie. W 2001 roku ukazała się ważna synteza Jego autorstwa pt: „Odrodzone Królestwo. Monarchia Władysława Łokietka i Kazimierza Wielkiego w świetle najnowszych badań” Początkowo miała być to tylko broszurka, ale przerodziła się ona w większy tekst, który wydano w języku niemieckim w tomie pokonferencyjnym. Janusz Kurtyka rozbudował go następnie do takich rozmiarów, że powstała książka wydana przez „Towarzystwo Naukowe Societas Vistulana”.

Podole to kolejny obszar zainteresowań Janusza Kurtyki, któremu poświęcił wiele lat życia. Początkiem tych zainteresowań był udział w pracach nad spisem urzędników podolskich od XIV do XVIII w. W 1998 roku ukazał się tom serii „Urzędnicy dawnej Rzeczpospolitej” poświęcony Podolu. Autor z wyjątkową skrupulatnością opisał skomplikowane dzieje polityczne Podola w średniowieczu. Było to możliwe, gdyż Janusz Kurtyka przeprowadził owocne kwerendy w zasobie archiwalnym Kijowa. Jak sam podkreślał wielki wpływ na Jego zainteresowanie się terenami dzisiejszej Ukrainy miała praca w Słowniku historyczno – geograficznym ziem polskich w średniowieczu. Lata spędzone w Pracowni pozwoliły mu zgromadzić sporą ilość materiałów, które następnie wykorzystał w kolejnych swoich tekstach. Na przełomie roku 1998 i 1999 Janusz Kurtyka opracował obszerną rozprawę omawiającą rywalizację polsko – litewską o Podole w XIV – XV w, skupiając się przede wszystkim na strukturze społeczno administracyjnej tych terenów oraz sytuacji szlachty polskiej, dominującej nad liczniejszą szlachtą ruską.

Dużą pomocą w tych pracach były projekty badawcze w których uczestniczył. Pierwszy, indywidualny grant badawczy realizowany był w latach 2000 -2003, i nosił tytuł „Podole w czasach jagiellońskich 1394 – 1572. Władza, społeczeństwo i osadnictwo w strefie pogranicza”. Drugi, zespołowy z udziałem krakowskich mediewistów i badaczy dziejów nowożytnych nosił tytuł: „Zapomniane pomniki cywilizacji europejskiej. Zespoły ksiąg sądowych „szlacheckich” z czasów I Rzeczypospolitej (XVI – XVIII w.) w Centralnym Państwowym Archiwum Historycznym w Kijowie”. Głównym założeniem grupy badawczej kierowanej przez Janusza Kurtykę było skatalogowanie zasobu kilku tysięcy ksiąg sądowych ziem dawnej Rzeczypospolitej znajdujących się w Kijowie. Januszowi Kurtyce zależało na tym aby w Kijowie powstała Stacja Naukowa Polskiej Akademii Nauk. 7 Kwietnia 2010 roku wspólnie z mediewistą Waldemarem Bukowskim złożyli memorandum dotyczące tej placówki na ręce Prezesa Polskiej Akademii Nauk.

Najmniej znane są badania jakie Janusz Kurtyki prowadził nad Spiszem. W swojej pierwszej pracy pt: „Polscy starostowie Spiszu w XV w i 1. połowie XVI wieku” z 1992 roku przypomniał szerszej opinii o polskich starostach sprawujących władze na tym terenie. W drugiej publikacji z 2003 roku pt: „Starostwo spiskie (1412 – 1769/70)” przedstawił pełen wykaz starostów spiskich z całego okresu funkcjonowania starostwa. W 2006 roku Janusz Kurtyka postanowił cofnąć się do początków istnienia starostwa pisząc pracę pt: „Początki starostwa spiskiego i pierwsi starostowie. Z dziejów polityki Władysława Jagiełły wobec Zakonu Krzyżackiego i Zygmunta Luksemburskiego w latach 1411–1430”. W tym samym roku na łamach „Zeszytów Naukowych Uniwersytetu Jagiellońskiego” opublikował pracę pt: „Badania nad późnośredniowiecznymi i nowożytnymi dziejami Spiszu. Przegląd źródeł i literatury” Praca ta stanowi omówienie kilkuset publikacji dotyczących Spisza, wydanych w Polsce i na Słowacji.